Jego historia sięga XVII w., kiedy właściciel wioski hrabia Jan Wielopolski (syn również Jana, późniejszy Kanclerz Wielki Koronny), udał się w roku 1680 wraz małżonką do Rzymu. Na tronie Piotrowym zasiadał wówczas papież Innocenty XI. To z Jego rąk, jako dowód wdzięczności za zasługi dla Kościoła, otrzymał kopię watykańskiego obrazu Pana Jezusa Ukrzyżowanego, poświęconego wcześniej przez papieża Urbana VIII. Dnia 7-go grudnia 1681 roku w czasie nieszporów odprawianych przez Ojców Reformatów z Biecza nad kaplicą ukazała się wielka jasność, której źródłem był obraz Ukrzyżowanego Chrystusa. W ten sposób Pan Jezus objawił swoją wolę. Obrał to miejsce za swój tron i chciał z tego miejsca darzyć wszystkich ludzi łaskami. W Uroczystość Zesłania Ducha Świętego 1682 r. obraz został przeniesiony do ówczesnego kościoła parafialnego. Ludzie modląc się w tym miejscu doznawali i doznają niezwykłych łask. Wspomnijmy wydarzenie, które miało miejsce w 1721 roku, kiedy Małopolskę i Podkarpacie nawiedziła dżuma. Właścicielka gorlickiego dworu doznała we śnie proroczej wizji. Wynikało z niej, że epidemia ustąpi, gdy młode dziewice, noszące imię Matki Bożej, ubrane w białe suknie i z kagankami w rękach obejdą granice parafii, zanosząc modły o miłosierdzie. Następnego dnia grupa dziewcząt ruszyła w procesji z Gorlic do Kobylanki. Modlitwa przed obrazem Ukrzyżowanego Chrystusa okazała się skuteczna, dżuma ustąpiła. Ten cud był jednym z wielu, które miały miejsce przed cudownym obrazem. Wiele z nich zostało odnotowanych w parafialnej kronice. Nie zachowała się jednak Księga Łask i Cudów, która wraz z licznymi wotami została wywieziona z Kobylanki przez zaborcę po odzyskaniu niepodległości. W roku 1712 i 1728 zostały spisane zeznania świadków o doznanych cudach. Obraz specjalnym dekretem biskupa krakowskiego został uznany za „łaskami słynący”. W czasach zaboru austriackiego sanktuarium było jednym z najważniejszych miejsc kultu w Galicji. Docierały tutaj pielgrzymki z Węgier i Słowacji (źródło: kobylanka.saletyni.pl).